A la suite du débarquement allié en Afrique du Nord en novembre 1942, toute la zone Sud de la métropole fut militairement occupée par l'armée allemande. De ce fait, l'activité qu'Air France avait maintenue jusque-là fut profondément modifiée, aucune liaison n'étant plus possible entre les territoires d'outre-mer et la métropole. L'exploitation des lignes métropolitaines fut complètement suspendue en 1943, la partie de la flotte demeurée en France ayant été saisie par les autorités d'occupation, ou mise à la disposition de principe des services civils de transport allemands.